近期技术指导组接受各地咨询过程中，发现很多同志对卫生部（卫疾控发[2008]68号）关于印发《各级疾病预防控制机构基本职责》和《疾病预防控制工作绩效考核标准》文件精神及要求内容进行了深入细致的研究，提出了不少有益的建议和很好的意见，对全国各地推进疾病预防控制绩效考核具有积极的意义。但是，也有部分建议尚需统一认识，共同完善。如指标与现实工作不一致，怎么办？法律法规没有明确要求的，怎么办？还有的同志本着实现绩效考核标准，争取优秀成绩的良好愿望出发，甚至提出修改（删除）指标或指标标准值的建议。
首先，绩效考核技术指导组感谢各地对绩效考核工作的高度关心和关注，感谢各地提出的很多很好的意见和建议，更欢迎提出更多的意见和建议，以便相互交流，不断改进，提高对指标的理解，推动疾病预防控制机构绩效考核工作健康有序的开展。
指导组认为，开展绩效考核工作应结合实践科学发展观，在进一步理解疾病预防控制服务的宗旨，推进基本职责和绩效考核的意义、目标基础上，全面理解指标的前瞻性、导向性。指标选择的基础既从现实需要出发，又兼顾长远发展需求。也就是现实各地开展的（有的是发达地区已经开展、或正在探索、计划开展的）、规划和法律法规要求的、防制疾病保障健康维护社会稳定需要的（包含法律法规没有要求但确实需要的）、体现政府人人享有均等基本公共卫生服务的宗旨。因此，考核评价指标中有些要求或标准，在时间跨度上有的是近期的，可能在2010年后；有的是中期的，可能在2015年后；有的是较长期的，可能在2020年后。目前，按我国各地的现状2008、2009年的经济可承受能力、卫生资源可及性是不可能全部实现这些指标要求的，从发展的角度这些指标（要求）是必须的。修改（删除）指标或指标标准值的建议是不可取的。但对于绩效评估标准中出现的错误，技术指导组建议卫生部在适当的时候颁布勘误文件。
因此，现阶段的绩效考核是基础，是基线调查。关键是掌握基本情况、探索行之有效的疾病预防控制绩效考核体系与运行机制，通过第一轮绩效考核：摸清疾病预防控制工作的情况、发现不足、明确疾病预防控制体系建设和工作的重点，并逐步将绩效考核工作纳入到常态管理之中；对现行的基本职责与绩效考核标准体系，进行完善；通过实践明确国家、省级如何分级负责区域疾病预防控制工作的绩效考核、具体流程、方法；磨合疾病预防控制经常性工作与绩效考核工作，探索疾病预防控制绩效管理体系和机制。
基于上述情况，现阶段的绩效考核各地主要是遵循实事求是的原则，依据辖区卫生行政部门下达的当年计划、上级疾病预防控制机构下达监测方案和单位年度总结如实反映工作开展的内容、数量、程度。因为目前的投入和能力，只能开展这些工作和取得这些效果。2010年后，在国家、省宏观政策不断完善的基础上，才能逐步实现全国统一的目标或指标。
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