安徽省血吸虫病防治研究所、安徽省寄生虫病防治研究所血吸虫病预防控制和应急办公室、寄生虫病预防控制室、中心实验室、科研管理与教育培训科、健康教育科、《热带病与寄生虫学》杂志编辑部、科技开发部等业务科室，以及办公室、行政管理科、离退休管理办公室等行政职能科室。是安徽省预防医学血吸虫病和寄生虫病省级“重点专科”和“重点实验室”建设单位。本所主要职能是在省卫生计生委领导下，承担全省血吸虫病及寄生虫病的防治管理、技术指导、应用研究、健康教育、信息交流、人才培养等工作。

本所先后获得一系列国家级和省级文明单位和先进集体荣誉称号。先后10余人次获得全国和省部级劳动模范和先进工作者等荣誉称号。本所先后承担并组织实施了国家、省级医学科技攻关课题、自然科学基金、国家科技支撑计划重大项目和国际合作项目等各级各类课题共160余项。获得国家科技进步二等奖2项，省、部级科技进步一等奖3项，省、部级科技进步三等奖20余项。本所研制的日本血吸虫病抗体诊断试剂，在全国率先获得国家食品药品监督管理总局注册批号 。

本所拥有国家级和省级学术和技术带头人，省、部有突出贡献中青年专家，省级学术和技术带头人后备人选，以及省卫生计生系统青年领军人才。 先后有8人次享受国务院和省政府特殊津贴。本所与安徽医科大学和皖南医学院联合招生培养硕士研究生。编辑出版发行的《热带病和寄生虫学》杂志。先后与美国、英国、澳大利亚、丹麦等10多个国家开展合作研究。

安徽省血吸虫病防治研究所已跻身全国血防、寄防机构先进行列，已成为全省血吸虫病和寄生虫病预防控制业务指导、科学研究、技术培训、健康教育和信息交流中心。