但其中一些基因对人类来说是不利的，比如会造成红绿色盲症、镰刀型贫血症、血友病等等，在这些遗传性疾病当中，绝大部分属于隐性遗传，有一个表达为正常的显性基因压制着，如果是近亲结婚，这些隐性基因被表达的概率大大增加，导致后代存在先天性缺陷疾病。
如果是非近亲结婚，由于人类基因的多样性，两个非近亲的人同时携带一种隐性遗传病基因的概率大大降低，有效避免了遗传病的表达，而且基因相差较大的两个个体，后代基因重组的多样性大大增加，有利于该物种的进化，种群对环境的适应能力也大大增强。
近亲繁殖的优点
当然，近亲繁殖也是存在优点的，能最大程度保留自身的特有基因，比如一些数量较少但是外型好看的宠物（狗、猫、猪等等），如果和其他品种的宠物进行杂交，后代就会失去原有宠物的外形特性，有时候只能进行近亲繁殖，来保持后代的一致性。
对于一个物种而言，近亲繁殖的特点是优者越优，劣者更劣，总的来说是缺点大于优点，尤其是对动物来说特别明显，所以绝大部分高等动物最终都选择了两性繁殖来避免近亲生育。
生物实例
在以前，欧洲的皇室家族为了保持自身家族的纯正，皇室之间的通婚非常频繁，导致很多因为近亲结婚遗留下来的家族遗传病，血友病就是其一，患有血友病的人，表现为血液中的凝血酶不足，一旦出现外伤就会流血不止，甚至有时候一个小伤口就会导致失血过多。
大名鼎鼎的维多利亚女王就是血友病的携带者，而且维多利亚女王还是近亲结婚（嫁给了比她小三个月的表弟），导致她的三个子女也患有血友病，最终血友病在欧洲皇室中蔓延开来，很多皇室家族成员都死于血友病。
科莫多巨蜥生活在印尼以及南非的少数岛屿上，数量只有3000多只，由于地理隔离的原因，科莫多巨蜥经常需要进行近亲繁殖。
甚至在极端的情况下，雌性科莫多巨蜥的卵细胞可以发生分化，进而代替精细胞，与卵细胞结合为受精卵，实现孤雌生殖，孤雌生殖相对于近亲繁殖来说多样性降到了最低，但相对于自身物种灭绝的危险来说，这也是不得以的办法。
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